军师问题比较复杂。
军师的原意，古文中没有给予，只能从事例上来推。从大方向来看是：军中师长的意思，即：军事方面的老师。
军师有没有正规编制？
在建安初期是没有的，直到建安中期改制。曹操设立四军师之后并逐步推行军师制度化，之后才有另一种军师制度确定下来。
旧时军师比较典型的例子
《后汉书》隗嚣既立，遣使聘请平陵人方望，以为军师。望至，说嚣曰：“各种天下大义”。嚣从其言…………更始二年，遣使征嚣及崔、义等。嚣将行，方望以为更始未可知，固止之，嚣不听。望以书辞谢而去，曰：“又是各种天下大义”
后汉时期，军师不常有，或许常有但不经常进入史书。
此时的军师，老师长辈的意味更重，需要至少是名士而且德高望重，能力不是必须的，声望高是首选。
袁绍聘卢植，袁术迫马日磾，都是一个道理。
其实，就军师而言，如果没有才干，比吉祥物强不了多少。或者说，如果缺乏军事方面才干就是吉祥物。
军中师长到底对军事方面有多大管理权限。
其实没有，有的只是谏言的权限。上面三个吉祥物已经代表了90%的军师。
军师的作用
【《三国志》吴录曰：（吴）范先知其死日，谓权曰：「陛下某日当丧军师。」权曰：「吾无军师，焉得丧之？」范曰：「陛下出军临敌，须臣言而后行，臣乃陛下之军师也。」至其日果卒。】
吴范明确了自己作用和上面的“师长”没啥区别。直言你孙权出征前先在我这里讨个吉利话然后再出征，所以我就是你的军师。~~~标准的“军中师长”。
曹操所立军师，其实也是这个路子。最初的荀攸，到后来的四军师：中军师荀攸、前军师锺繇、左军师凉茂、右军师毛玠。都是名望为第一要务。
当然也有例外
《会稽典录》曰：“初曹公兴义兵，遣人要（周）喁，喁即收合兵众，得二千人，从公征伐，以为军师。
曹操最初也立过一个军师，但这个是纯属把人往军师位上一摆，远离指挥权。
代入，我上面说的三个要素
一、从环境来看，军师首重名望。
二、历史沿革，军师不常置，虽然地位崇高，但可有可无。
三、因人而异，不能因为荀攸强大，就过分夸大 军师 的能力。
在说说军师的归属。
军师其实可以判定为：朝官。归属在朝廷。
无论前后，在建安中期改制之前，军师从不属于公府。曹操在建安中改制设立（荀攸钟繇凉茂毛玠）四军师的时候聘华歆为【丞相军师】，华歆这个“军师”才是归属于丞相府的军师。前面四军师，依旧是朝官。而后来曹操所推行的军师制度也是以华歆为代表的军师，比如各级将军下面都逐渐配备军师。如：杨俊、赵俨、裴潜、辛毗等。
最后说说荀攸
荀攸是强大的，不是因为他是军师，反而是他把军师的地位拔高了不少。
【《通典》军国选举及刑狱法制皆使决焉。】这个特指荀攸。不代表其他军师也有这个资格。这也是我所说因人而异。

军师祭酒的问题
其实把军师理清了，军师祭酒也就没什么了。
单纯就是个府吏，是个幕僚。只不过是拿朝廷的工资。
建安三年初置军师祭酒。曹操在扩大自己公府方面改动是非常大的，【初，太祖定冀州，以（薛）悌及东平王国为左右长史】如果加上王必，曹操可能同时有三个长史，这也是之前不层出现的。
回到军师祭酒，建安初，曹操虽然没必要弄三个长史，但府吏的需求量还是很大的。所以军师祭酒，只是扩大自己司空府的手段之一，后来的军谋祭酒也是这样。
对比的话，军师和军师祭酒是没有任何可比性的。不在一个层面上。
后期为何董昭要去当军师祭酒。
这就是我的第一个原则，时代不同了，建安初期，曹操虽然权大，但还无法替代许昌的朝廷。但冀州平定之后，曹操势力已经不可避免的要逐渐代替许昌的朝廷了。此时天下顶尖的投机份子，董昭自然要钻进曹操的核心幕僚圈。此时的曹操幕僚和建安初的曹操幕僚有着肉眼可见的差别。

补充一下军师祭酒的问题
参掌戎律意思，一个参与军事征讨，一个是执掌军法核定，其实也是后来总结。
在郭嘉初任军师祭酒的时候有没有“执掌军法核定”这职责是不一定的。
不过我倾向有，只不过郭嘉做得好做不好，也不一定。
郭嘉和荀攸对比，其实也不在一个层面上。
荀攸起步尚书+汝南太守，郭嘉起步曹操二级秘书。
封侯食户，郭嘉明面上比荀攸多，但荀攸自择啊~~~~铁岭人均纳税和上海人均纳税一样吗？

建议吹郭嘉的组队来学习下，当然可能根本看不懂。

说白了，郭嘉命长的话，会和荀彧最后一个结果吗？
荀彧荀攸确实重要。但是总经理并不一定比得上董事长秘书来的贴心。

补充几句
因人而异
并不是要黑郭嘉，我其实比较看好郭嘉。
就像我前面说，强大的荀攸，硬生生的拔高了军师这个比较虚的位置。这个职位本来并不重要，只是尊贵，老师嘛，用时拜一拜，提到别人的时候用你，提到老师的时候用您，这是最初的想法。荀攸最后军国选举及刑狱法制皆使决焉。使军师的形象达到了另一个层次。
其实郭嘉也一样
军师祭酒虽然是为郭嘉而定的，但地位在司空府并不是最顶级。上面还有长史司马等人。
但郭嘉的活跃，强行使军师祭酒这个二级职务，拔高到可以YY成首席参谋以及无视掉长史司马等成为最高级属下的地步。
参考其他军师祭酒及军谋祭酒，基本离郭嘉十万八千里。那才是军师祭酒应有的位置。
所以，荀攸很强，郭嘉也很强。这是最基本的认知。
当然如果要互相比，显然荀攸在各个方面都优于甚至碾压郭嘉，这也是最基本的认知。

就是一个帮忙出出主意的，军队没人听他，朝廷也没人听他，除非在朝廷有另外的职务。

郭嘉其实属于宠臣那一波，老板心腹机要秘书，位卑而权重

一般说郭嘉都会以官职来贬低郭嘉。楼主对于军师和军师祭酒已经总结的很好了。但是要看看设立军师祭酒的时代背景。第一，当时荀攸已经是军师，而且没有过失误，做的很好，郭嘉来后曹操不可能让郭嘉替代荀攸做军师，毕竟荀家是世家大族，曹操需要荀家支持，并且郭嘉是荀家举荐的。第二，曹操很明显想把郭嘉就给自己儿子，所以不会让郭嘉做汉臣，只是让他进府做幕僚。第三，曹操当时官职只是司空，司空不可能在府里设立司马这种职位，因为司空司马平级，曹操道义上没权力，所以创造了司空军师祭酒。祭酒在古义中是居主位、尊长的意思。说二荀能力高于郭嘉也不对。当时曹操给荀彧写信说自从戏志才死后我都没有个可以计议大事的人，你老家人才多，给举荐几个。于是荀彧举荐了郭嘉。可见曹操都觉得二荀不够水平和曹操计议大事。这不是黑二荀，而是二荀擅长谋术，郭嘉擅长谋略。可以看后面都是郭嘉定议打哪，二荀定议怎么打。所以郭嘉死后曹操战略方针乱了，即便二荀谋术再高也依然挡不住曹操几次大败。所以说说二荀高于郭嘉不对，只是各有擅长。

@钟子律 :司空司马同属三公，司空曹操没有权利在司空府里设立司马这个职位。关于水平不够，是指谋略不够。太祖与荀彧书曰：“自志才亡后，莫可与计事者。汝、颖固多奇士，谁可以继之？”彧荐嘉。“莫可与计事者”就说出来了。曹操打吕布要退，郭嘉荀攸说不能退，要打，然后荀攸出计淹了下坯。打官渡，也是郭嘉和荀彧劝曹操要打。这里可以看出二荀也还是有谋略，但是不如郭嘉的是后面，孙策平了江东要打许昌，郭嘉劝曹操不用理他，接着打官渡。打败袁绍后，袁绍两个儿子要联合，郭嘉让曹操装作去打刘表来分化他们。之后的打乌丸，其他人怕刘表趁机打许昌，郭嘉说不会，之后就平定了北方，否则留着乌丸对以后南征是一个很大的威胁。这是郭嘉谋略强，但是很少出计谋破敌，出计谋破敌是二荀的强项。所以我才说郭嘉定议打谁，二荀定议怎么打。

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我觉得楼主一楼陈述的原则好像和楼主的推导过程存在很多本质矛盾之处。

@钟子律 :比如打官渡时，孙策平了江东要打许昌，郭嘉说孙策杀的都是豪杰，肯定被人报复刺杀，不用退兵防孙策，结果孙策被人行刺。奇袭乌丸，所有人都怕刘表趁机打许昌，郭嘉说刘表要防着刘备，打不过来。这都是局势的判断。而郭嘉主张奇袭乌丸而不是去打刘表，这就是天下势的判断，因为这是打乌丸的最佳时机，如果不打乌丸去打其他地方，将来乌丸肯定背后捅刀子，这个可以参考之后的鲜卑，如果鲜卑乌丸联合起来，曹操南方基本就可以放弃了。郭嘉死后，曹操的战略方针就乱的一批了，好好地一面倒的局势愣是被搞成了天下三分。所以说郭嘉知道先打谁后打谁（谋略），二荀是知道要怎么打（谋术）。