在主线剧情方面,同一代的不同版本之间几乎没有区别,所以像二代和三代的不同作品,无论哪一个版本都是讲的一个故事。主要的区别在于不同版本的限定妖怪。拿三代举例,寿司有天妇罗和寿喜烧没有的野怪和任务,只有购买寿司版才能获得。像二代的真打和三代的寿喜烧虽然是晚推出的,并且有自己的新内容,但它们本身不包含前两个版本的限定内容。
破坏者1的赤猫团和白犬队也有自己的限定妖怪,但都能免费升级成月兔组,而不是像寿喜烧和真打一样需要单独购买(两者都可以继承同一个机器中的其他版本存档)。破坏者2我了解的不多,但是版本区别和其他作品类似。
总体而言,剧情党买哪一部都无所谓,只要升级到最新版本,可玩内容都特别多。但是如果想要全收集的话,在如今3ds网络功能被关闭的情况下,必须要全版本购入和两台3ds。不止如此,还有各种绝版妖怪已经无法获得了。