帝王组织在墨西哥的新前哨站的一个工作人员偶然间发现海底的一种寒武纪时期的微小甲壳生物被氧毁炸出来了，并发生了变异。工作人员就捉了几只做研究，结果甲虫以惊人的速度成长，并于一天晚上逃进了用于观察当地鱼类的水箱里，研究员没放心上。几天后，研究员们发现水箱里的鱼越来越少，箱底沉满了鱼骨，研究员这才知道自己当时没把甲虫逃跑当回事的想法有多愚蠢。
甲虫在晚上打破水箱逃了出来，趁着晚上就仗着数量多，图了整个前哨站，并在里面筑巢，吸食残留的氧毁，不断成长。帝王组织察觉到问题，派遣了几支特别行动小队去调查，小队一进来就遭到了突袭，变异虫群很快就图了几支小队（然后是一段在黑暗空间中的追逐戏）
哥斯拉感受到了不对劲，开始往墨西哥赶，哥斯拉登陆，先是喷了几束原子吐息（恰巧救了主角，原子吐息把前哨站切开了）虫群冲出前哨站，哥斯拉发现了他们，喷了一发原子吐息，虫群合成了集合体，变异虫被正式命名为戴斯特洛伊亚，戴魔集合体与哥斯拉交战，最终不敌哥斯拉，变成幼年体逃跑，但被哥斯拉拦截，幼年体趁机吸食哥斯拉的细胞，进化成了飞行体，与哥斯拉短暂交战后，用氧毁光束击伤哥总，飞往地心入口，进入地心，来到了疤王曾经的巢穴（现在金刚和同伴换了一个地方）戴魔吸收能量后进化成了完全体，与哥斯拉金刚魔斯拉雪魔交战。戴魔在力量敏捷和法术上都远强于对手。戴魔准备用变量切割杀死哥斯拉和金刚时，雪魔挡下了变量切割，戴魔把雪魔直接切成了两截，再吸收了雪魔的能量后戴魔唯一的弱点没了，祂彻底成了无敌的魔兽。戴魔用胸炮把剩下三兽打成了重伤濒死。
戴魔飞出地心，到地表大肆屠杀泰坦，发动了生物大灭绝。（此时有一段金刚关于哥斯拉和雪魔的感情戏）牢小带着帝王组织的新装备赶来，金刚穿上了反D（戴魔）装甲，牢小也装备了装甲，魔姐升级为铠魔，用鳞粉给哥斯拉进化成了白色（类似二世）。哥斯拉用原子吐息在地壳上开了一个洞，哥总和金刚牢小铠魔来到地表，与戴魔交战，戴魔依旧占据上风，利用分裂战术压制几兽。就在戴魔准备用胸炮杀死几兽时，哥斯拉和祂展开了对波，哥斯拉背鳍上的皮肤被高温烧成了灰，露出骨骼，哥总对波压过戴魔，打穿了祂的身体，铠魔也对着大残的戴魔发出β闪光，金刚用装甲拳套发出的电磁炮射击戴魔。大残的戴魔想逃跑，结果被哥斯拉补刀击落爆炸。
哥斯拉率先离开，接着是铠魔，然后是金刚牢小，结局皆大欢喜