在久远的过去，南极大陆和骷髅岛一样，是地心世界延伸到地表的部分，也是哥斯拉一族的栖息地。6500万年前，一颗陨石坠落地球，但这不是普通的陨石，而是基多拉的卵。坠落之后基多拉破壳而出，并对地球生灵展开扫荡屠杀，从南北美洲杀到亚欧非洲，最后来到南极洲。与此同时地球的泰坦们也聚集到南极拉起保卫地球的战线。最终，以哥斯拉族几乎被灭族为代价（仅剩哥斯拉与达贡），基多拉被哥斯拉、魔斯拉、前代拉顿等众泰坦合力击败，最后雪魔将其冰封。然而不为人知的是，除哥斯拉与达贡外，仍有一只幼年哥斯拉族成员——迷你拉幸存了下来，却被雪魔一起封在冰盖下。同时，被冰封的还有一些生活在南极大陆土壤内的前寒武纪微小生命体。
回到现代，南极在基多拉被释放和温室效应下，冰盖加速融化，被冰封的微小生命体和迷你拉先后被释放。微小生命体受到了泰坦大战的影响而得到了一定进化，变得能够适应水中环境（微小体），解冻后随洋流漂流到曾被投下氧气破坏者的墨西哥湾，并在这个对于一切生物是死亡禁区但对厌氧生物自身非常舒适的环境里扎下根来，同时由于当年的战斗，这里留下了基多拉的DNA片段，厌氧生物在接触基多拉DNA后飞速进化，变得极具杀伤性（游泳体）。在进化到一定程度之后，这些生物群离开墨西哥湾，飘到世界各地，开始破坏海洋生态，它们能够在眨眼之间将一只蓝鲸啃食成白骨。感受到异变并进化成粉色形态的哥斯拉开始追踪它们，但屡次落空，却在过程中发现了迷你拉。迷你拉的出现令哥斯拉非常惊奇，这是它在同族全部灭绝的认知下看到的唯一同类，而迷你拉也同样有了感应，于是哥斯拉带着迷你拉一起行动。
此时在地心世界，金刚教授苏寇捕猎技巧，但它们在捕猎过程中发现了一只节肢类生物，能够喷出腐蚀性液体，而它就是厌氧生物进化而来的（幼体）。虽然金刚轻松消灭了这只不明生物，但马上又有一群这样的生物接踵而至，金刚双拳难敌四手只得在人类的引导下带苏寇回到伊维族领地，并借由魔斯拉的力量成功抵挡住了这群不明生物。
回到陆地上，这群不明生物登陆悉尼并开始袭击城市，人类派出军队作战，在这过程中这些不明生物开始聚合成一个体型更大的生物（集合体）。此时哥斯拉赶到现场，但该生物已经逃离，军队转火哥斯拉。该生物在逃跑中遇到迷你拉，并对其发起攻击，并吸收到了哥斯拉族的DNA，幸好摆脱了军队的哥斯拉及时赶上。经过一番交战，哥斯拉成功重创了不明生物，但因为对方发射的氧气破坏吐息也让哥斯拉受到一些伤害，因此要回到深海修养，同时准备进化到紫色新形态。迷你拉跟随哥斯拉一起进入深海。
跟哥斯拉交战后的不明生物没有被完全消灭，而是再度分解并与地心的那一批汇合，由于地心的环境更适合进化，因此它们兜兜转转来到了巨猿的领地。此时在伊维族领地的金刚察觉到不妙，带着苏寇赶回巨猿领地，却看到巨猿们都被屠杀殆尽，不明生物也不知所踪。地心突然发生的杀戮事件，令众人摸不着头脑，但很快，地上的岩浆开始剧烈翻滚起来，从岩浆里出现一只巨大的蜥蜴型巨兽，就好像长着翅膀的哥斯拉一样。原来这只巨兽就是之前那些不明生物在吸收了基多拉和迷你拉DNA之后凝聚并进化而成的完全体——戴斯特洛伊亚。出世的戴魔以压倒性的力量完全压制金刚与雪魔，金刚很快受伤倒下，就在戴魔对金刚下杀手之际，魔斯拉及时赶到，用鳞粉干扰了戴魔。然而凭魔斯拉的力量也难以击退戴魔，在战况陷入焦灼之时，戴魔似乎感应到了什么，头也不回地离开了。原来是哥斯拉完成了最终进化并苏醒，体型比原来更加壮硕，并拥有蓝紫色的能量的背鳍。同时迷你拉也改变外形变成了小型哥斯拉。戴魔似乎是感受到了哥斯拉的苏醒，径直向地表飞去，魔斯拉也追了上去。
进化完成的哥斯拉前往陆地准备做最后决战，迷你拉也想跟随但被阻止。然而迷你拉仍旧悄悄地跟了上去。见识到了戴魔恐怖的人类在治疗金刚和雪魔后，决定给金刚升级。之前那一套被废弃的机械铠甲被重新拿了出来，穿上机械铠甲后的金刚实力大增。金刚乘上雪魔准备前往地表追踪戴魔，苏寇也想去但被金刚阻止。
戴魔通过地心通道来到了夜晚的东京，同时哥斯拉赶到，魔斯拉也紧随其后，开始正义二打一。起初，进化到新形态的哥斯拉能与戴魔战斗几回合，但当戴魔使用氧气破坏吐息时，哥斯拉无法抵抗，并落入下风。而魔斯拉欲支援哥斯拉，却被突然分裂出一部分的戴魔飞行体拖住。此时跟在后面的迷你拉出现，使用微弱的原子吐息攻击戴魔，但无法伤及分毫。戴魔在接下了几发攻击之后用尾钳夹住迷你拉并飞到高空中将其扔下来摔死，这一幕让哥斯拉无比愤怒，他拖着受伤的身躯再度起身与戴魔战斗，但实力仍旧被戴魔压制。这时金刚与雪魔赶到，战局进入四对一。由于戴魔自身实力强大，又有多种技能和灵活的战术，原本四打一的绝对优势局渐渐变为劣势，四兽全都被戴魔所压制。
在这绝望关头，魔斯拉决定牺牲自己，她起飞后吸引戴魔的注意力，并在哥斯拉正上方时被戴魔的胸炮击中化为能量，哥斯拉在吸收了这些能量之后进化成紫色背鳍的红莲哥斯拉，重新站起身与戴魔战斗。但是戴魔实力过于强大，当年压制基多拉的形态也只能与戴魔平分秋色。红莲哥斯拉这次使出了上次没有使用的技能——燃烧吐息，却依然不能伤及分毫。原来戴魔是在岩浆之中完成的究极进化，因此自身不仅极具高温抗性，还拥有硬度变态的外甲，即使是红莲哥斯拉的温度也能够抵抗。随后戴魔使用变量切割，对红莲哥斯拉造成了一定伤害，好在红莲形态拥有强大的再生力没能让哥斯拉彻底败下阵来。但是红莲哥斯拉随着时间的推移，体内温度越来越高，此时哥斯拉的温度达到了10000摄氏度，再次使用燃烧吐息时，戴魔终于扛不住了，外甲被哥斯拉的吐息击穿。但是在吐息结束后，戴魔的外甲以肉眼可见的速度再生着，就在这千钧一发关头，雪魔使用冰冻吐息，并不断加大能量，终于将低温从伤口注入戴魔体内，给与戴魔最后一击。由于戴魔是在岩浆中完成的进化，高温抗性很高但低温抗性为0，平时有坚硬的外甲保护，但一旦没了外甲，低温将是致命的。最终戴魔土崩瓦解，分裂体也被红莲哥斯拉的高温全部融化。
还没等众人松一口气，红莲哥斯拉的体温即将达到12000摄氏度，一旦超过这个临界值，哥斯拉将开始融化，并会把地球融化出一个大洞，地心世界暴露在外。雪魔用冰冻吐息给哥斯拉降温，但仍旧无济于事，此时哥斯拉的背鳍开始融化。就在众人绝望之际，金刚奋不顾身地抱住哥斯拉就往海里拖，恐怖的高温融化了金刚的武装，灼烧了金刚的身体。好在最后哥斯拉被成功拖进海里，大半个东京湾的海水被蒸发，雪魔抓住机会继续使用冰冻吐息，在海水的帮助下终于成功给哥斯拉完成了降温，并将哥斯拉冰封在东京湾海底。在这过程中哥斯拉释放出的大量能量被迷你拉吸收，迷你拉完成进化长出与哥斯拉一样高耸的背鳍。严重受伤奄奄一息的金刚被帝王组织回收并秘密救治，而被封印在海底的哥斯拉也因为此战元气大伤，陷入了长久沉睡，也许数千年后才会苏醒。哥斯拉与金刚完成了他们各自的使命，接下来的故事将由迷你拉与苏寇续写下去。
回到现代，南极在基多拉被释放和温室效应下，冰盖加速融化，被冰封的微小生命体和迷你拉先后被释放。微小生命体受到了泰坦大战的影响而得到了一定进化，变得能够适应水中环境（微小体），解冻后随洋流漂流到曾被投下氧气破坏者的墨西哥湾，并在这个对于一切生物是死亡禁区但对厌氧生物自身非常舒适的环境里扎下根来，同时由于当年的战斗，这里留下了基多拉的DNA片段，厌氧生物在接触基多拉DNA后飞速进化，变得极具杀伤性（游泳体）。在进化到一定程度之后，这些生物群离开墨西哥湾，飘到世界各地，开始破坏海洋生态，它们能够在眨眼之间将一只蓝鲸啃食成白骨。感受到异变并进化成粉色形态的哥斯拉开始追踪它们，但屡次落空，却在过程中发现了迷你拉。迷你拉的出现令哥斯拉非常惊奇，这是它在同族全部灭绝的认知下看到的唯一同类，而迷你拉也同样有了感应，于是哥斯拉带着迷你拉一起行动。
此时在地心世界，金刚教授苏寇捕猎技巧，但它们在捕猎过程中发现了一只节肢类生物，能够喷出腐蚀性液体，而它就是厌氧生物进化而来的（幼体）。虽然金刚轻松消灭了这只不明生物，但马上又有一群这样的生物接踵而至，金刚双拳难敌四手只得在人类的引导下带苏寇回到伊维族领地，并借由魔斯拉的力量成功抵挡住了这群不明生物。
回到陆地上，这群不明生物登陆悉尼并开始袭击城市，人类派出军队作战，在这过程中这些不明生物开始聚合成一个体型更大的生物（集合体）。此时哥斯拉赶到现场，但该生物已经逃离，军队转火哥斯拉。该生物在逃跑中遇到迷你拉，并对其发起攻击，并吸收到了哥斯拉族的DNA，幸好摆脱了军队的哥斯拉及时赶上。经过一番交战，哥斯拉成功重创了不明生物，但因为对方发射的氧气破坏吐息也让哥斯拉受到一些伤害，因此要回到深海修养，同时准备进化到紫色新形态。迷你拉跟随哥斯拉一起进入深海。
跟哥斯拉交战后的不明生物没有被完全消灭，而是再度分解并与地心的那一批汇合，由于地心的环境更适合进化，因此它们兜兜转转来到了巨猿的领地。此时在伊维族领地的金刚察觉到不妙，带着苏寇赶回巨猿领地，却看到巨猿们都被屠杀殆尽，不明生物也不知所踪。地心突然发生的杀戮事件，令众人摸不着头脑，但很快，地上的岩浆开始剧烈翻滚起来，从岩浆里出现一只巨大的蜥蜴型巨兽，就好像长着翅膀的哥斯拉一样。原来这只巨兽就是之前那些不明生物在吸收了基多拉和迷你拉DNA之后凝聚并进化而成的完全体——戴斯特洛伊亚。出世的戴魔以压倒性的力量完全压制金刚与雪魔，金刚很快受伤倒下，就在戴魔对金刚下杀手之际，魔斯拉及时赶到，用鳞粉干扰了戴魔。然而凭魔斯拉的力量也难以击退戴魔，在战况陷入焦灼之时，戴魔似乎感应到了什么，头也不回地离开了。原来是哥斯拉完成了最终进化并苏醒，体型比原来更加壮硕，并拥有蓝紫色的能量的背鳍。同时迷你拉也改变外形变成了小型哥斯拉。戴魔似乎是感受到了哥斯拉的苏醒，径直向地表飞去，魔斯拉也追了上去。
进化完成的哥斯拉前往陆地准备做最后决战，迷你拉也想跟随但被阻止。然而迷你拉仍旧悄悄地跟了上去。见识到了戴魔恐怖的人类在治疗金刚和雪魔后，决定给金刚升级。之前那一套被废弃的机械铠甲被重新拿了出来，穿上机械铠甲后的金刚实力大增。金刚乘上雪魔准备前往地表追踪戴魔，苏寇也想去但被金刚阻止。
戴魔通过地心通道来到了夜晚的东京，同时哥斯拉赶到，魔斯拉也紧随其后，开始正义二打一。起初，进化到新形态的哥斯拉能与戴魔战斗几回合，但当戴魔使用氧气破坏吐息时，哥斯拉无法抵抗，并落入下风。而魔斯拉欲支援哥斯拉，却被突然分裂出一部分的戴魔飞行体拖住。此时跟在后面的迷你拉出现，使用微弱的原子吐息攻击戴魔，但无法伤及分毫。戴魔在接下了几发攻击之后用尾钳夹住迷你拉并飞到高空中将其扔下来摔死，这一幕让哥斯拉无比愤怒，他拖着受伤的身躯再度起身与戴魔战斗，但实力仍旧被戴魔压制。这时金刚与雪魔赶到，战局进入四对一。由于戴魔自身实力强大，又有多种技能和灵活的战术，原本四打一的绝对优势局渐渐变为劣势，四兽全都被戴魔所压制。
在这绝望关头，魔斯拉决定牺牲自己，她起飞后吸引戴魔的注意力，并在哥斯拉正上方时被戴魔的胸炮击中化为能量，哥斯拉在吸收了这些能量之后进化成紫色背鳍的红莲哥斯拉，重新站起身与戴魔战斗。但是戴魔实力过于强大，当年压制基多拉的形态也只能与戴魔平分秋色。红莲哥斯拉这次使出了上次没有使用的技能——燃烧吐息，却依然不能伤及分毫。原来戴魔是在岩浆之中完成的究极进化，因此自身不仅极具高温抗性，还拥有硬度变态的外甲，即使是红莲哥斯拉的温度也能够抵抗。随后戴魔使用变量切割，对红莲哥斯拉造成了一定伤害，好在红莲形态拥有强大的再生力没能让哥斯拉彻底败下阵来。但是红莲哥斯拉随着时间的推移，体内温度越来越高，此时哥斯拉的温度达到了10000摄氏度，再次使用燃烧吐息时，戴魔终于扛不住了，外甲被哥斯拉的吐息击穿。但是在吐息结束后，戴魔的外甲以肉眼可见的速度再生着，就在这千钧一发关头，雪魔使用冰冻吐息，并不断加大能量，终于将低温从伤口注入戴魔体内，给与戴魔最后一击。由于戴魔是在岩浆中完成的进化，高温抗性很高但低温抗性为0，平时有坚硬的外甲保护，但一旦没了外甲，低温将是致命的。最终戴魔土崩瓦解，分裂体也被红莲哥斯拉的高温全部融化。
还没等众人松一口气，红莲哥斯拉的体温即将达到12000摄氏度，一旦超过这个临界值，哥斯拉将开始融化，并会把地球融化出一个大洞，地心世界暴露在外。雪魔用冰冻吐息给哥斯拉降温，但仍旧无济于事，此时哥斯拉的背鳍开始融化。就在众人绝望之际，金刚奋不顾身地抱住哥斯拉就往海里拖，恐怖的高温融化了金刚的武装，灼烧了金刚的身体。好在最后哥斯拉被成功拖进海里，大半个东京湾的海水被蒸发，雪魔抓住机会继续使用冰冻吐息，在海水的帮助下终于成功给哥斯拉完成了降温，并将哥斯拉冰封在东京湾海底。在这过程中哥斯拉释放出的大量能量被迷你拉吸收，迷你拉完成进化长出与哥斯拉一样高耸的背鳍。严重受伤奄奄一息的金刚被帝王组织回收并秘密救治，而被封印在海底的哥斯拉也因为此战元气大伤，陷入了长久沉睡，也许数千年后才会苏醒。哥斯拉与金刚完成了他们各自的使命，接下来的故事将由迷你拉与苏寇续写下去。
