12月22日，由于毛利兰的关系导致柯南的身份在黑衣组织面前暴露，进而导致灰原哀被黑衣组织抓走。
江户川柯南为了去救灰原哀，摘下了自己的眼镜并吃下了休学篇留下的最后一颗解药，变身成为工藤新一，准备与黑衣组织决一死战。
工藤新一临走前吻了毛利兰的额头，以祝福之吻作为清水寺的回吻。
黑衣组织的决战中，工藤新一在灰原哀的面前中枪，与琴酒一起摔下悬崖坠入海中，两人都找不到尸体。
高木拿着工藤新一的遗物手机还给工藤优作，手机密码是四个数字，在场的毛利兰用4869解锁了手机，看到了新一提前准备好的与她诀别的分手短信。
12月24日平安夜的晚上，灰原哀在博士家，注视着手里的护身符眼镜，追忆着那个侦探小子。
来访的有希子说代某个人送给灰原哀一个新手机作为圣诞礼物，手机的密码是四个字母，线索是灰原哀名字的一部分，然后有希子回家了。
灰原哀试了灰原哀和宫野志保的名字均失败后，最终用sherry的前四个字母sher解锁了手机。
灰原哀第一时间ptsd了，以为黑衣组织没有被彻底覆灭，刚刚的有希子是贝尔摩德假扮的，真正的有希子已经被琴酒等人杀害了。
灰原哀飞奔到工藤家里，用力大喊却无人回答。
灰原哀对着手机说她就是雪莉，求他只杀了自己但放过其他所有人。
手机没有任何回应，但却在12点刚过时自动播放起了生日快乐歌。
灰原哀握着手机自言自语道：“你究竟是什么人？”
此刻窗帘被风吹开，月光照入工藤家的书房，照亮了坐在二楼栏杆上的一道黑影，他合上了手中的《福尔摩斯归来记》，模仿福尔摩斯的语气开口道：
“亲爱的华生，难道你还没有注意到吗？密码是sher，意思就是sher locked，也就是Sherlock（夏洛克）的暗号。”
听到了熟悉的声音，灰原哀激动得抬头望去，看到同样戴着眼镜护身符的柯南正坐在书房二楼的栏杆上。
灯光亮起，柯南从二楼一跃而下，对着灰原哀露出自信的笑容。
“我叫江户川柯南，是个侦探！”
看到柯南还活着，灰原哀不禁热泪盈眶，泣不成声。
“圣诞快乐！！！”
随着礼花的响声中，有希子、工藤优作、阿笠博士、赤井秀一等红方角色带着祝福声，从阴影中走了出来。
“另外，这才是我想要送给你的圣诞礼物。”柯南拿走送给灰原哀的手机，然后在灰原哀的耳边播放了最后一卷宫野艾琳娜的录音带。
“给19岁的志保，生日快乐！妈妈永远爱你”
灰原哀感受到了家的温暖，哭倒在柯南怀里。
书房的指针转过12点，此时正是圣诞节，是灰原哀的生日，也是江户川柯南这个名字的一周年生日。
主线就此完结。
（暗线）
（回吻触发工藤新一和毛利兰在清水寺前“恋人一吻就此别离”的诅咒）
（灰原哀多次陷入危机后柯南摘下眼镜去舍命相救，这是致敬《超人》中克拉克多次摘下眼镜化身超人去拯救女记者露易丝。）
（柯南选择灰原哀而不是毛利兰，这是致敬超人克拉克最后选择了露易丝而不是拉娜这位青梅竹马兼初恋。）
（灰原哀生日是圣诞节，柯南第一次给自己起名江户川柯南也是在圣诞节，因此柯南与灰原哀同月同日生。）
（工藤新一是日本警察的救世主，江户川柯南这个名字在圣诞节诞生，这是致敬了圣经中耶稣的生日）
（工藤新一接受了休学篇的犹大之吻，并回以祝福吻，这是致敬圣经中耶稣知道撒旦进入了犹大内心以及自己即将受难而死，但依旧接受了犹大的亲吻并宽恕他的罪恶。）
（结局灰原哀和柯南重逢的时间点，正好是柯南给自己起名“江户川柯南”并戴上眼镜欺骗毛利兰的一年后，地点都是工藤家的书房，首尾呼应）
（灰原哀初登场用sherry酒名来吓柯南，大结局柯南用sherry酒名来吓灰原哀）
（致敬《最后一案》，华生亲眼看到福尔摩斯和莫里亚蒂坠入悬崖，随后在《空屋》中复活归来。复活时间参考了耶稣的三天重生，而不是《福尔摩斯归来记》的八年）
（致敬《神探夏洛克》中艾琳对福尔摩斯的告白暗号
I am Sherlock = 我是夏洛克。
I am Sher locked = 我的心被夏锁住 = 艾琳：我爱上了夏洛克。
I am Sherry locked = 我的心被雪莉锁住 = 江户川柯南：我爱上了雪莉。）