1、学科划分不同：科睿唯安JCR的Journal Ranking没有设置大类学科，只分为176个具体学科，也就是中科院分区表中所指的小类学科。
2、分区方法不同：JCR是按照“平均主义”思想，根据刊物IF的高至低平均划分4个区，每个区含有该领域总量25%的期刊；中科院的分区如同社会阶层的金字塔结构，1区只有5%的顶级期刊，2~4区期刊数量也逐层增加。于是，采用中科院分区后往往出现“掉区”的情况。
显然中科院的1区和2区杂志很少，杂志质量相对也高，基本都是本领域的顶级期刊。所以有的人发表的论文按JCR分区标准算一区，而按中科院分区算2区甚至三区。
3、指标取值不同：JCR是按当期（1年）的IF进行分区，中科院是按刊物前3年IF平均值进行分区。
4、写法不同：一般的，JCR中1区的期刊写作“Q1”，中科院1区的期刊写作“1区”，如此类推。
最后的重点——我们到底该看哪个分区？
尽管两种分区方式都比较权威，但是中科院分区被更多的机构采纳以作为科研评价的指标。
国内大部分的高校和科研单位的科研业绩奖励、职称评审等，均按照中科院分区进行加权计算。但是，由于中科院的分区遭到了很多无情的diss，所以现在有些学校已经明确表示要与国际接轨，使用科睿唯安SCI期刊分区标准，
所以，具体怎么看，最好是看你们学校/单位认哪个。（说了等于没说系列。。。）