某个神秘角色，利用特殊的力量，将不知道哪里得来的莱西拉姆/捷克罗姆，同凤王/洛奇亚融合成了一只精灵并统治合众地区。主角（新）为了拯救合众，踏上了旅途。经过旅途，遇到了N，并同N一起找到第二作的主角，经过试炼得到了酋雷姆和另一只封面神。最后挑战神秘人，原来是初代主角，因为冒险中触碰了禁忌的力量被控制。最后主角用酋雷姆同时吸收了黑白龙化身最初之龙，打败那股力量，世界恢复正常。同时引出下一世代玩法，宝可梦融合（缝合）