针对你遇到的问题，这里提供可能的解决方案：
1. 更换适配器：电动车自带的充电接口可能无法激活充电器进行充电是因为原装的充电器是为铅酸电池设计的，而你现在使用的是磷酸铁锂电池。这两种电池的电压和电流特性是不同的，所以需要更换为磷酸铁锂电池适配的充电器。
2. 调整电池管理系统（BMS）参数：如果电池低于48伏就会进入保护状态，这可能是由于电池管理系统设置的过放电保护点过低造成的。可以请专业人员帮忙调整这个参数。但要注意，调整BMS的参数可能会影响电池的使用寿命和安全性，所以这一步操作需要谨慎并且由专业人员进行。
3. 检查车辆的充电系统：使用导线直接连接电池可以进行充电，但是通过车辆自带的充电接口无法充电，这说明可能是车辆的充电系统存在问题。建议到专业的维修店进行检查和修复。
以上方案仅供参考，具体的情况还需要根据实际的检查结果来确定。