位于北海道・函馆的斧江财阀收藏库收到了来自怪盗基德的预告信。据悉，基德此次的目标的是生于幕末的新选组副长・土方岁三的日本刀。
一向瞄准大宝石的怪盗基德为什么要瞄准宝刀⋯？
另一方面，西部的名侦探·服部平次和柯南等人也为了函馆举办的剑道大会而造访了当地，在预告作案当天，平次看穿了基德的伪装而紧追不舍…!?
同时，在函馆仓库街发现了胸口被割下十字伤痕的尸体。
经过搜查浮现的对象是被称为“死亡商人"，在亚洲一带从事军火商活动的日裔美国人男子。
他在寻找战争时期深入军需产业的斧江家初代当主藏匿在函馆某处的宝物。
根据传闻指出，这是可以扭转当时日本战况反败为胜的强大武器…
然而、此宝物和基德瞄准的宝刀似乎有关联，对于瞄准宝刀的基德来说，神秘"剑士"的影子正在逼近…