这时在车站外的不远处柯南转头却看见了一位穿着旧式校服，蓝色短碎发红色瞳孔的少女。“喂——！你……”正当柯南要离开车站时却被灰原哀拦住了:“工藤，你看到了什么了吗？”她小声的询问着，这时不知道从哪里来的一群白鸽飞过吸引了一行人的注意力。“灰原，刚才哪里站了一位少女在看着我们，你发现了吗？”“少女，你该不会热出幻觉了？”灰原哀刚想否定这时她的目光也转到了车站外，是的，她没有看错是有一位少女，可是眨眼的功夫就消失了。“难道是幻觉？”正当灰原哀纳闷的时候柯南却离开了那座废弃的车站，像中邪了一般去追逐那个身影。“喂——”当他走出车站的一刻突然感到有些眩晕，心跳加速“呃……可恶明明没有吃解药为什么？！”正当柯南转身去找灰原哀寻求帮助的时候却发现了异样:刚才明明还在一起聊天的一行人居然转身就不见了。“喂！博士、灰原、光彦、元太、步美……”他强忍着疼痛试图寻找他们，可是身体已经开始冒烟。“啊啊啊啊啊！”随着一声惨叫当回过神时柯南已经成为了工藤新一。“可恶，明明什么药也没有吃，为什么就这样突然变回了？”他试图冷静下来，这时这座废弃的车站居然有车辆驶来，就连铁栏杆也看起来比刚才新了一些。

工藤新一又一次看了看那个日历海报，1995年的6月21日还是崭新的样子，不过车站的值班室已经没有人了。
值班室的门一副年久失修的样子，工藤新一在值班室里还是找到了一身工作制服，虽然还是满脑子的疑惑但他断定只要顺着车所开往的方向就一定会到有人聚居的地方。
他跌跌撞撞的走着，耳畔还是那阵阵的蝉鸣，不是到是有些中暑，还是aptx4869的缘故身体突然变大有些虚弱在终于来到那座城市的边缘时还是倒下了。

工藤新一做了一个梦，梦里像是睡在一个很温暖的地方，像婴儿躺在摇篮里一样，在梦里他是泡在水里的可是却没有窒息的感觉，那种感觉像是回到了出生之前，而这时他却被眼前成千上万个无头的女性躯体手拉着手在水里畅游的场景惊醒。
“啊！”随着惊醒工藤新一身旁的赤木律子也走了过来。“哦，你醒了，少年觉得身体怎么样了？”“这里是？”“医务室，嗯……你看起来是陌生的面孔呢，怎么是从其他地方来的人吗？”“我是怎么到这里来的？”“你在第三新东京市的边缘晕倒就被救了呢，你要感谢的人是丽，她在执行任务结束返回的途中将你捡回来的，说起来感觉奇怪丽从来没有这么做，她居然会主动请求我去救你……”“丽？”“她叫绫波丽，是你的救命恩人，嗯……她居然对一个人类会伸出援手”后面那几句话赤木律子小声嘟囔着就像是发现机器零件有什么故障一样皱着眉头。“嘛，要是你身体无恙的话记得将桌前的药带走，一包是你的，另一包是绫波丽的，地址写在纸上一会去给她，我先走了。”

在目送赤木律子离开后工藤新一环视着四周，电子挂历显示的时间仍然停留在1995年的夏天。“啊，是陌生的天花板……”工藤新一也情不自禁的吐糟着这个时间有些混乱的空间，努力梳理着不久前发生的一切:“我是和阿笠博士一行人因为汽车抛锚所以走到废弃车站歇脚等待顺风车的，在休息的时候发现了不远处一位身穿旧式校服蓝色碎发红色瞳孔的女孩，不知道为什么被她神秘的踪迹吸引，我离开了车站走了几步，回过头就是这样的一番场景。”
这时工藤新一突然脑海中显现出“1995年夏”这几个字样，“穿越？”他摇了摇头，怎么会像电影那样的场景，可是这时他又想起了自己的身体在没有吃药的情况下变回工藤新一，这时他的脑海里又浮现出“绫波丽”这三个字又想起了那个神秘的少女。

“看来有必要去见见绫波丽了……”工藤新一不知道为什么感觉这个被赤木律子称为“第三新东京市”的地方总让他有种不安，不知道是萧条破败的建筑还是稀少的人烟，隐隐约约有些悲伤与不安，他从来都没有这样的心情，那种对于现实命运的消极无力感涌上心头。
“难道还有比变小更糟糕的事情发生吗？”他继续行走着这时突然警报响起，除了他以外的人们娴熟的往避难所的方向跑，而他还是没有发现事情的严重性不知不觉来到了使徒出没的范围内。
“他们为什么要跑呢？地震？”正当他感到不解时葛城美里也检测到了他的存在。
“那个少年是谁，怎么跑到这里？”
“报告，使徒正在接近！”
“初号机，二号机驾驶员准备！”
“零号机待命！”
“这次可以成功吗？接下来就要看真嗣和明日香的默契了”
“那个少年呢？”
“检测不到他的个人信息，是第三新东京市外来的人员！”
“他看来还是没有意识到严重性，让零号机带他离开！”
“是！”

收到命令后的绫波丽驾驶着零号机靠近工藤新一，她瞥了一眼在EVA视角下的工藤新一似乎回想起了什么，又有些不解:“他是谁？我为什么会在上次任务返回的途中救下他？可是在请求赤木博士救他的时候我会有一些紧张的心情，在知道他脱离生命危险后会胸口有些放松的感觉，这又是为什么呢？”
绫波丽驾驶着零号机用它那有些硕大的手揽起工藤新一护住了他的身躯，被突然揽起的工藤新一第一次近距离看到EVA与驾驶员看到的心情不同，他的眼里对于这样一种特殊的武器有些好奇又有些恐惧，像机器却又有些生物的形态，他冷静下来很快就推理出这就是救他的零号机而驾驶员就是绫波丽。

碇真嗣和明日香经过一段时间的同居与训练终于达到了同步，使徒随着被打倒，见证这一切的工藤新一也感受到了“使徒”与EVA的神奇与恐怖。
倘若是第三新东京市的人对于EVA以及EVA的驾驶员都是避而远之的，即使是他们的保护者也不会去感激。工藤新一倘若没有被零号机救也会是恐惧占心理上风，可是他对于绫波丽的好奇早已经战胜了恐惧。
与使徒的战斗结束后回到了基地，工藤新一也被带了过去，去接受葛城美里的盘问。但这也是他第一次与绫波丽相见。
当绫波丽从插入栓出来时工藤新一更加肯定那个神秘的少女就是零号机驾驶员绫波丽。他试图去接近她，想要询问一些事情，工藤新一看见站在顶部的绫波丽有些说不出的感觉:明明是一位少女可是给人一种神怜悯世人的眼神在看着站在下面的他，这种感觉他曾经的生活中从没有经历过。

“你就是绫波丽吗？之前谢谢你救了我！你就是EVA的驾驶员？感觉好酷呢！”说罢他便笑着想邀请少女能和他单独聊一会，也许绫波丽知道怎么带他回到他自己的世界。
正当他想要开口却被葛城美里打断，绫波丽还是这样看着他，当葛城美里来时绫波丽还是没有说什么转身边离开了。
看着这样的机会错过工藤新一甚至心情有些懊恼，这个女孩一定知道什么。在葛城美里的调查下确认了工藤新一是第三新东京市的外来人员，由于是未成年人还是被安排去了真嗣的班级。
“可是我都十八岁了还要去初中吗？”工藤新一有些不解的去询问葛城美里，葛城也无奈的说:“现在这座城市只有这一个学校，而且也只有这一个班级，这里上什么课并不重要，就连转校生也不会引人关心。”

可以发柯哀吧

工藤新一作为一名转校生来到了碇真嗣所在的班级，幸运的是绫波丽也在这里，同学们对他的到来似乎并不感兴趣，因为之前听说是18岁的男孩子这一个信息就对他没兴趣了。
“如果是像明日香一样的转校生就好了。”有一位同学吐槽着。
“喂！要对新同学友善一些啊！”班长她还是展现出一些善意。
工藤新一没有说什么，径直去了绫波丽旁边的空座位坐下，绫波丽只是撇了一眼便又去看窗外。
诚如葛城美里所说，上什么课都一样。老师只有一位，是一个带眼镜絮絮叨叨自言自语的老头，明明是数学课却自说自话的讲起第二次冲击前的事情。
工藤新一试图和绫波丽确认信息:“你就是绫波丽吗？想不到会在这里相见……那个……”
“……”
看到绫波丽并不想搭理自己工藤新一感到话题有些无法进行，尴尬的自己直冒冷汗。
“这样可不行啊……”这一天上午还是没有说上什么话。下午是没有课的，接着送药的机会工藤新一决定登门拜访绫波丽。
时间像静止一般，无论钟表怎么摆动太阳的高度永远都在那天来到第三新东京市前废弃车站的位置，燥热又是一阵阵蝉鸣，绫波丽所住的楼层除了她这一户其他人早就搬走了，到处都是废弃破败的空屋，生锈的铁门在一阵风吹来吱吱呀呀的响着，生锈的铁围栏轻轻一扶就要摇摇欲坠。

在绫波丽的家门时工藤新一咽了一口吐沫打算下定决心鼓足勇气一定要问清楚他该怎么回去的事情，门把早就坏了，没有上锁他犹豫再三还是鼓足勇气走到了门口，提高嗓门说到:“绫波丽同学在吗？我是来送药的，像问你一件事情……问完我就离开……”有些卑微又有些胆怯这是工藤新一从来都没有过的体验，这种糟糕的心情他有些自闭了。
工藤新一看了看绫波丽的房屋，不像是人类住的地方，一些医疗器材、散乱的还沾些血迹的绷带、晾衣架上清一色的白色胸衣和白色内裤，有些还是湿漉漉的水滴滴在被单上，她就住在这样的地方吗？感觉除了药、医疗器械、绷带、床、水就什么也没有了，简直比灰原哀的医疗实验室还要冷清。

绫波丽像是刚从浴室出来的样子，她的身上只在脖子上挂了一个毛巾，如同工藤新一不存在一般换着新的胸衣和内裤，这样的场景工藤新一也有些不知所措脸红的将头转了过去，说话也有些磕磕巴巴:“啊……那，药我送来了，等一会我有事情要问你……”也不知道是不是看到什么导致心跳加速浑身开始冒烟身体在不断缩小“完了……为什么要在这种时候……”工藤新一也想不到当着绫波丽的面缩小又成了江户川柯南。
刚才的这一幕确实让绫波丽注意到柯南的存在，良久才开口:“你是谁？那个叫工藤新一的人？难道你和我一样都是人造之物？”

柯南一时不知道该怎么说，他答应过灰原哀不能泄露自己吃了aptx4869的事情，可是如今居然当着绫波丽的面变小。
“呃……这个，算是吧……哈哈……绫波丽同学在我没来第三新东京市之前我们是不是在那里见过，比如哪个车站？”
绫波丽盯了柯南好一会儿便说道:“不久前我捡到你就是在第三新东京市的边缘，车站从来没有去过。”“那你知道知道怎么回米花町吗？”“米花町？不知道”绫波丽没有任何情绪波动的语气让柯南的内心更加低落，本以为会找到回去的路最后还是什么也没有说。
接下来的几个星期工藤新一也渐渐适应了第三新东京市的生活，也知道了避难所的方向当使徒来临时便会躲在里面，可是他与那里的人还是那么格格不入，他始终无法适应使徒和EVA战斗的生活，作为侦探在这里什么也做不到，如同过时的杂志一般等着被闲置遗忘。

本以为永远走不出第三新东京市，一天夜里他躺在废弃的房屋内虽然隔壁就是唯一的邻居绫波丽可是直到现在都没有说上几句话，当听闻碇真嗣和明日香也是EVA的驾驶员时他甚至有些羡慕，如果他和绫波丽不是普通同学的关系而是EVA驾驶员会不会能说上话呢？
夏日的夜晚还是那么燥热，头顶上的电风扇几近失控的转着如同柯南不安的心脏，这时在楼下生锈的铁栏杆附近他看到了熟悉的身影——宫野志保
当柯南冲下楼层那个身影也有些模模糊糊，但他看到了宫野志保说话的口型在告诉他:“千万不要放弃，一定要回来。”不久后便消失了。