本作故事讲述20年前从昏暗湖底的沉棺中苏醒的女性贝优妮塔(Bayonetta)。无法回忆起自己身世的女人的身体上刻下了解开遗忘过去线索的记忆。那就是可以操纵狰狞魔兽葬送天使的恐怖的“魔女之力”。经历数百年的时间，于现代苏醒的魔女贝优妮塔边狩猎来袭的天使们，边着手收集那些残留下来的仅有的记忆的线索……在欧洲边境的维格利德，有两个势力种族存在着，掌控魔界之力与月之力的魔女一族、掌控天界之力与太阳之力的贤者一族。双方管理着『历史观测者』才能取得的秘宝『世界之目』，魔女拥有“闇之左目”，贤者则拥有“光之右目”，双方互相不侵犯，维护世界秩序的平衡。但是，这两个势力突然互相仇恨并爆发战争，100年的战斗所得到的结果是魔女一族胜利了。不过害怕魔女之力的普通人类，在天界物种－天使的煽动下发动了“魔女狩猎”的行动，魔女一族因此与贤者一族一样灭亡了，彼此从历史中消失了。500年后的现代，在20年前从湖底的棺木中复苏的贝优妮塔，除了自己是魔女之外什么都无法记起，她只好狩猎天使来度过每一天。突然有一天，她从情报商恩佐那边得到了一个关于『世界之目』的信息，于是决定前往维格利德，在那里等待她的是正计划着某种目的的天使们……