苏门答腊犀一共有3个亚种：
因为严重人类的严重捕杀，其中北方亚种疑似灭绝，苏门答腊亚种和婆罗洲亚种也已严重濒危。

苏门答腊亚种 D.s. sumatrensis 是苏门犀的指名亚种，现分布于印尼、马来西亚，仅剩170-230头。还有10几头在动物园。包括在美国的辛辛那提动物园生存的圈养的几头这种犀牛，还有在马来西亚东马的动物园一头雌性犀牛。

婆罗洲亚种 D.s. harrissoni 体型较小，现仅分布于马来西亚婆罗洲的沙巴和印尼，在沙捞越与加里曼丹有未证实的记录，野外仅存70头。有几头在动物园内圈养。

北方亚种 D.s. lasiotis 体型较大，曾经广泛分布于印度、缅甸、老挝、越南、泰国、柬埔寨、孟加拉、锡金、不丹、中国，最后一只人工圈养的该亚种犀牛的个体在1972年在英国伦敦动物园去世，最后证实有存活是在1970年代越南战争时期。2013年有欧美动物研究机构单方面认为该苏门答腊犀亚种已经在20世纪70年代灭绝，中国境内记载是在1990年于云南西南部南滚河热带丛林还有出没目击记录。