马士英在弘光朝覆灭后，被南明唐、鲁两王势力拒之门外，马士英于是盘桓于浙江一带，期间多次参与反清战役，直到在江浙一带最强大的抗清势力吴易吴日生的部队兵败后，马士英亦遁入空门躲避清廷缉拿，后因叛徒出卖，被清廷抓获，最终不屈就义。顾诚先生在《南明史》也对马士英之死有详尽的记录描写：
　　清实录记载，顺治三年六月2二十日，：浙闽总督张存任疏报：副将张国勋等进剿太湖逆贼，擒获伪大学士马士英、长兴伯吴日生、主事倪曼青。捷闻，令斩士英，其有功将士，所司察叙”。蒋良骐《东华录》卷五，“（顺治三年）六月，浙闽总督张存仁疏报：副将张国勋进剿太湖逆贼，长兴伯吴日生、主事倪曼青俱被获，伪大学士马士英潜遁新昌县山内，都统汉岱追至台州，马士英属下总兵叶承恩等降，并报称马士英批剃为僧，即至寺拘获，并总兵赵体元，令斩之”。······ 马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清方，而是尽力以抗清的实际行动改变自己过去的不佳形象。清方档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。相形之下，黄宗羲、张岱在鲁监国政权处境困难时，转入清方统治区遵制剃头，以明朝“遗民”自居，既不能见危授命，也大可不必那样义形于色的痛斥“奸臣”马士英以显示自己才是正人君子。其实顾诚先生说的是参与《明史》实际上总纂的万斯同，对马士英之死的不实、甚至污蔑之词。而万斯同其实是黄宗羲在康熙十八年清廷下令由黄宗羲“入局主持”，黄宗羲实际派自己高足万斯同、万言叔侄编纂，也就是说对马士英之死的污蔑，是黄宗羲授意的。
　　上面我说了，各种档案资料，和当世之人都很清楚知道马士英被俘就义而死，黄宗羲等人不敢直接污蔑马士英之死，而是在《明史》马士英传中这样写：
　　“士英与长兴伯吴日生俱擒获，诏俱斩之。事具国史······而野乘载士英遁至台州山寺为僧，为我兵搜获，大铖、国安父子先后降。寻唐王走顺昌。我大兵至，搜龙扛，得士英、大铖、国安父子请王出关为内应疏，遂斩士英、国安于延平城下龘。”
　　注意，马士英之死明明没有任何疑问，东林党人也承认是“事具国史”，却偏偏加一段“野史”，故意写马士英被俘后，大铖、国安父子投降，暗示马士英也同时投降了，随后清廷发现马士英、阮大铖、国安父子有通敌文书，于是才将已经投降的马士英等人杀害。杀害的地点居然是福建延平城（事实上马士英始终在浙江北部，和福建根本风牛马不相及）。
　　东林党人故意将根本经不起推敲的史料故意放在正史之后，其目的不言而喻，就是要搞臭为国就义的马士英，把他说成投降不忠后，才被杀。
　　东林党人的流毒也确实有不少人中招，后世一些没有认真研究南明史的人，就由此认为马士英确实是投降被杀，如谢国桢先生在《明清之际党社运动考》一书直接沿袭投降说，道：“后来士英投降清朝，也被害了。” 这段文字的用意之毒，当真是其心可诛！！！ 且不论马士英生前到底是不是大奸臣，但是他已经以自己行动为大明朝英勇就义，我们至少连这一点不能否认，就算马士英再不济，也不能让他在杀身成仁做了烈士后仍让他蒙受不白之冤。
　　相比之下，黄宗羲、张岱等人就是眼见南明势力不成事了，于是赶紧弃主而去，从己方地盘跑到敌占区剃了头做顺民以求活命，拖着根辫子称自己是“明朝遗民”。更可恶的是，他们反而继续污蔑真正为大明朝效忠死节的烈士是“投降被杀”，其品德到底如何，大家真有目共睹了！
　　其实为人冤枉的，当时又何止马士英一人。弘光朝覆灭，大臣殉难的有高卓、张捷、杨维桓等，其中张捷、杨维桓是东林党人口中所谓逆党分子，然而二人均在南京城破时自杀殉国。尤其杨维桓，是全家老小一起死节，但是他和马士英一样，在阖家死难殉国后竟然被人污蔑为杀妾潜逃而遭乱兵殴打致死。造这种恶毒谣言的人，真可谓“舌可犁也”！ 东林党人，嘿，正所谓不怕不识货，就怕货比货！！！